有关网络著作权保护立法方面存在的问题主要表现在以下几个方面：
1、对一些权利义务并未作出规定。比如，临时复制。我国著作权法体系中的网络传播是指上载式传播，对于上载前的储存（即为网络传播而进行的复制）法律并不禁止，《著作权法》并未对临时复制作出规定，刚实施的《信息网络传播权条例》也是如此。
2、个别定义还需作出进一步的解释。比如，什么是信息存储空间？哪些属于信息存储空间？这些问题在司法实践中看法不一，法律上也没有一个具体的定义和标准，这就可能导致因法律适用不同而出现判决标准各异的现象。
3、一些关键条款还应作出明确界定。比如，“非商业目的的使用”。对于最高人民法院的相关司法解释，笔者也是赞同的。但《计算机软件保护条例》毕竟是现行生效的行政法规，而且《著作权法》作为法律渊源，均未在条文中对著作权人权利的限制规定一个“非商业目的的使用”的一般条款，这未免有失严谨。
（二）管辖权规定较为混乱，容易引起管辖争议
《民事诉讼法》第二十九条规定，因侵权行为提起的诉讼，由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖。最高人民法院《关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉若干问题的意见》
并且，《著作权解释》第4条规定，对侵犯著作权行为提起的民事诉讼由著作权法第46条、第47条所规定的侵权行为的实施地、侵权复制品储藏地或者查封、扣押地、被告住所地人民法院管辖。
（三）侵权者的主观过错难以认定，归责原则仍需完善
《网络著作权解释》对网络终端用户的侵权行为应适用何种归责原则并未作出明文规定。该解释第四、五、六条的规定具体阐述了网络服务者法律责任，分别为“网络服务提供者通过网络参与他人侵犯著作权行为的，人民法院将追究其与其他行为人或者直接实施侵权行为人的共同侵权责任”、“提供内容服务的网络服务提供者，明知网络用户通过网络实施侵犯他人著作权的行为，或者经著作权人提出确有证据的警告，但仍不采取移除侵权内容等措施以消除侵权后果的，人民法院也要追究其与该网络用户的共同侵权责任”、“提供内容服务的网络服务者，对著作权人要求其提供侵权行为人在其网络的注册资料以追究行为人的侵权责任，无正当理由拒绝提供的，法院追究其相应的侵权责任”。
（四）侵权损害难以认定，赔偿标准尚需细化
王泽鉴先生认为，损害“系指权利或利益受侵害时所生之不利益。易言之，损害发生前之状态，与损害发生之情形，而相比较，被害人所受之不利益，即为损害所在”。知识产权的作用体现在被使用上，如果使用人越多，知识产权所体现的价值就越大；如果这项知识产权从来未传播，未被使用过，该权利的价值就无从实现。因此，衡量权利人是否遭受损害，应当结合作品上载到网络前后作者收获的经济利益和其他利益来考虑。
但是，就网络著作权侵权而言，损害事实是构成侵权的必备要件。此外，对于侵权赔偿的数额标准，现行法律尚无明确规定，这无疑会给此类案件的公正处理带来隐患。
（五）交易成本过高，授权机制仍待完善
如何取得著作权使用许可已成为一个制约全局的“瓶颈”问题，最典型的就是建立使用许可关系的通道不畅，传播者面临着“获得授权”难、“构成侵权”易的困境。著作权的行使由权利人亲历亲为从来就是件困难的事情，尤其在数字时代，网络传播权的行使即是一例。
（六）合理使用还应进一步规范，三方利益尚需有效协调
我国《著作权法》规定，合理使用必须具备以下四个条件：（1）被使用的作品必须已经发表；（2）使用作品的目的必须是出于非商业用途；（3）合理使用不应侵犯著作权人的著作财产权以外的其他合法权力；（4）合理使用还需尊重被使用作品著作权人的著作人身权，使用作品必须指明作者的姓名、作品名称、作品的出处等。
(七)法定许可范围嫌窄，无法适应网络作品转载现状
考虑到近年来网络转载、摘编纸媒作品或纸媒转载网络作品的现象日趋严重，《信息网络传播权保护条例》（草案）曾对法定许可扩大了适用范围，其第七条规定：“文字作品、美术作品、摄影作品在报刊或者信息网络上发表后，除著作权人事先声明不得转载、摘编的外，可以在报刊或者信息网络上转载或者作为文摘、资料使用，但应当指明作者姓名、作品名称和出处，按照规定向著作权人支付报酬，并且不得侵犯著作权人依法享有的其他权利。”该条款明确了网站上载作品的范围限于文字作品、美术作品、摄影作品，主要针对的是网站对纸媒作品的上载问题，意味着网站在上载纸媒非涉及时事性的新闻或文章时，如著作权人没有声明不得传播，其行为可以适用法定许可。